Parece que compilar el gcc 4.1.1 es algo molesto, sin embargo existe el AVR-Wiki con instrucciones bastante agradables de como compilar e incluso un script para compilar todo el tool chain.
Por mi parte prefiero hacer todo a mano, pero pues es una bonita alternativa.
Dos set de parches importantes para utilizar el AT90USB128:
http://www.freebsd.org/cgi/cvsweb.cgi/ports/devel/avr-gcc/files/
http://www.freebsd.org/cgi/cvsweb.cgi/ports/devel/avr-binutils/files/
EOT
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